慶應義塾大學病院成立于1920年，至今已經近百年的歷史，第一任院長是有著“日本細菌學之父”之稱的北里柴三郎。至2016年，慶應義塾大學病院已經發展成擁有1044張病床，年外來患者816.242人(日平均3.057人)，年住院患者291.603人(日平均799人)的大型綜合病院，醫療水平連續多年位居日本大型醫院前列。

慶應義塾大學病院一直致力于高水平先進醫療，2003年3月在亞洲范圍內首次引入了達芬奇機器人用于外科手術;2009年成功進行了世界上首例心臟畸形患兒活體肝移植手術;2013年慶應義塾大學病院的岡野容之教授在聽力障礙的白鼠耳內成功地再生了細胞，使白鼠聽力恢復了正常。

預防醫療中心

慶應義塾大學醫院自2012年8月成立預防醫學中心以來，一直致力于延長健康壽命。憑借大學醫院積累的豐富經驗，尖端的設備和技術，以及高度精準的循證診斷，能夠迅速發現哪怕是最輕微的風險，并提供及時的治療。萬一在體檢中發現異常情況，需要進行專門治療，將迅速聯合本院專科門診，讓患者及時獲得一流的醫療服務。

腫瘤中心

慶應義塾大學病院于2009年成立了腫瘤中心，跨科室地開展器官橫貫性癌癥治療。最大的特征在于該中心擁有以研發微創癌癥治療新技術和設備為目的的微創療法研發部門，并已成功開發了多項新治療方法和器械，積累了豐富的經驗。在消化系統腫瘤的治療領域，只要沒有淋巴結轉移，無論腫瘤的大小和位置如何均能用微創手術治療。

免疫統括醫療中心

治療對象：各種被列為疑難病癥的免疫疾病(潰瘍性結腸炎、克羅恩病、類風濕關節炎、系統性紅斑狼瘡、銀屑病、白塞病等)

治療方法：針對免疫疾病的生物學制劑治療、白細胞去除術

醫學界列為疑難病癥的免疫疾病大多病因不詳，目前仍在不斷探索開發新的治療方法。近年來，抗TNF-a抗體制劑等生物制劑在免疫疾病的治療領域正在迅速推廣應用，但由于生物制劑治療的歷史尚短，既要取得更好的療效又要安全用藥就需要醫生擁有淵博的知識和豐富的臨床經驗，以及通過跨科室團隊進行綜合性支援。慶應義塾大學病院免疫統括醫療中心在一個中心橫貫治療各種免疫疾病，共享各種治療經驗，能比一般醫院獲得更多的信息。從而能得到更有效的治療，中心對各種醫學界列為疑難雜癥的免疫疾病的治療成績居世界前列。

此外，慶應義塾大學病院免疫統括醫療中心還對傳統的藥物療法不見療效的潰瘍性結腸炎和類風濕關節炎患者的采用白細胞去除術治療。這是正在引起醫學界廣泛關注的一種新的治療方法，從患者左側或右側的上臂或大腿等處的靜脈將血液取出體外，通過濾器去除與炎癥有關的活化的白細胞后，將凈化的血液再回輸患者體內。這一療法不使用藥物，副作用少，在日本的醫療機構已經進入臨床應用階段，在該中心也早就積極采用。